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菌肥亦称生物肥、生物肥料、细菌肥料或接种剂等，但大多数人习惯叫菌肥。确切地说，生物肥料是菌而不是肥，因为它本身并不含有植物生长发育需求的养分元素，而只是含有很多的微生物，在土壤中通过微生物的生命活动，改进作物的养分条件。机理土壤由矿物质、有机质和微生物三大部分组成，是农作物生长发育的基础。土壤中的有益微生物直接参与土壤中物质和能量的转化、腐殖质的形成和分化、养分的开释。氮素的固定等一系列土壤肥力形成和发育进程。采用人为方式向土壤中添加有益微生物数量，就可以增强土壤中微生物的活性，从而提高土壤的肥力。特别是农作物根际土壤微生态系的微生物活性对植物根部养分则更为重要，因此，在植物根际施用微生物肥料，就可以添加根际土壤中的有益菌的数量和活性，导致土壤肥力的增强。
基肥（底肥）：生物菌肥用量少，单施不易施匀，覆土之前易受阳光照射影响效果，有风天又会发生被风吹跑的问题。因此，用作基肥时在施用有机肥条件下，应将金宝贝微生物菌肥与有机肥按1：500—1.5：500的比例混匀，用水喷湿后隐瞒，堆腐3-5天，中间翻到一次后施用。施用时要均匀施于垄沟内，然后起垄；如不施用有机肥，以1千克生物肥拌30-50千克稍湿润的细土，均匀施于垄沟内，然后即起垄覆土，留意与化肥离隔运用。在水田或旱田也可以均匀撒施于地表，然后立即耙入土中，不能长期暴露在阳光下暴晒。口肥：在施用有机肥或化肥做基肥的基础上，用生物菌肥做种肥，或掩播作物做种肥运用，刨掩后将拌有细土的生物菌肥施于掩中，再点种。
拌种：先将种子外表用水或用豆浆、红糖水喷湿润，然后将种子放入菌肥中拌和，使种子外表均匀沾满菌肥后，在阴凉通风处稍阴干即可播种。拌种后不要放置在阳光下暴晒，也不要放置时间过长。拌种用菌肥量与种子巨细有关，烟草等小粒种子，每千克种子50-100克即可，大粒种子需求量就多一些，拌有金宝贝菌肥的种子播种后也要立即覆土，避免阳光中紫外线杀伤菌肥中的微生物。
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